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Phylogeny of basal birds 1/3



Turned out to be a few more hours than I thought... anyway:

62 characters, 6 ordered, 4 irreversible, 2 step matrices
heuristic searches: 50 replicates, limit of 10 million rearrangements (TBR)
per replication

Analysis with all 47 taxa (1 of which is the allzero outgroup, which is
similar to, say, *Compsognathus*):

Strict consensus:

+--allzero outgroup
`--+--*Caudipteryx* (no braincase characters included; pygostyle = ?)
   `--+--Scansoriopterygidae (fusion of *S.* and *Epidendrosaurus*)
      |--*Archaeopteryx*
      |--basal Troodontidae (fusion of *Sinovenator* and *-ornithoides*)
      `--+--*Microraptor* (because of the flange on manual phalanx II-1)
         `--+--+--*Rahonavis*
            |  `--*Shenzhouraptor*
            `--+--*Hulsanpes*
               `--+--*Yandangornis* (coded as lacking a pygostyle...)
                  `--+--*Sapeornis*
                     `--+--*Confuciusornis*
                        `--polytomy of everything else

50 % majority-rule consensus:

+--allzero outgroup
`--+--*Caudipteryx*
   `--+--Scansoriopterygidae
      `--+--*Archaeopteryx*
         `--+--basal Troodontidae
            `--+--*Microraptor*
               `--+--+--*Rahonavis*
                  |  `--*Shenzhouraptor*
                  `--+--*Hulsanpes*
                     `--+--*Yandangornis*
                        `--+--*Sapeornis*
                           `--+--*Confuciusornis*
                              `--+--*Jibeinia*
                                 `--+--Euornithes (see below)
                                    `--polytomy of Enantiornithes,
including:
                                          |--+--*Halimornis*
                                          |  `--*Enantiornis*
                                          `--+--*Cuspirostrisornis*
                                             |--*Neuquenornis*
                                             `--+--*Soroavisaurus*
                                                `--*Avisaurus*

Euornithes
|--*Vorona*
`--+--*Patagopteryx*
   `--+--*Gansus*
      `--+--*Yanornis*
         `--+--*Ambiortus*
            |--*Yixianornis* (partially toothless pmx not in analysis)
            `--+--+--+--*Lectavis*
               |  |  `--*Liaoningornis*
               |  `--+--*Apsaravis*
               |     `--*Songlingornis*
               `--+--*Anas* (a recent duck)
                  `--+--*Hesperornis*
                     `--*Ichthyornis*

Odontognathae has one synapomorphy: a reduction of the acromion.

Adams consensus (why did I make one? Because I'm nosey, it turn out to look
indeed interesting, and with 80312 MPTs there's little risk that the
consensus produces a clade that does not occur in any tree):

+--allzero outgroup
`--+--*Caudipteryx*
   `--+--Scansoriopterygidae
      |--*Archaeopteryx*
      `--+--basal Troodontidae
         `--+--*Microraptor*
            `--+--+--*Rahonavis*
               |  `--*Shenzhouraptor*
               `--+--*Hulsanpes*
                  `--+--*Yandangornis*
                     `--+--*Sapeornis*
                        `--+--*Confuciusornis*
                           `--+--*Jibeinia*
                              |--Enantiornithes (see below)
                              `--Euornithes (see below)

Enantiornithes
|--*Protopteryx*
|--*Iberomesornis*
|--*Otogornis* (despite its euornithine shoulder!)
`--+--*Longipteryx*
   |--*Eocathayornis*
   |--*Noguerornis*
   |--*Alexornis* (coded for 7 characters)
   |--the unnamed one from Lebanon
   `--+--*Eoenantiornis*
      |--+--*Gobipteryx*
      |  `--*Boluochia*
      `--+--*Yungavolucris*
         |--+--*Halimornis*
         |  |--*Enantiornis*
         |  `--*Eoalulavis*
         `--+--*Sinornis*
            `--+--*Concornis*
                `--+--*Cuspirostrisornis*
                   |--*Neuquenornis*
                   `--+--*Soroavisaurus*
                      `--*Avisaurus*

Euornithes
|--*Vorona*
`--+--*Patagopteryx*
   `--+--*Ambiortus*
      |--*Gansus*
      `--+--*Yanornis*
         `--+--*Yixianornis*
            `--+--+--*Apsaravis*
               |  |--*Songlingornis*
               |  `--+--*Lectavis*
               |     `--*Liaoningornis*
               `--+--*Anas*
                  `--+--*Hesperornis*
                     `--*Ichthyornis*

Then I reweighted the characters 10 times (basewt=1000). The outcome...

Strict consensus:

+--allzero outgroup
|--*Caudipteryx*
`--+--*Archaeopteryx*
   `--+--*Scansoriopterygidae*
      `--+--*Rahonavis*
         |--*Shenzhouraptor*
         |--*Hulsanpes*
         |--*Microraptor*
         |--basal Troodontidae
         `--+--*Yandangornis*
            `--+--*Sapeornis*
               `--+--*Confuciusornis*
                  `--+--*Jibeinia*
                     `--+--polytomy of all Enantiornithes
                       `--+--*Yanornis*
                          |--*Yixianornis*
                          |--*Vorona*
                          `--+--+--*Patagopteryx*
                             |  `--*Gansus*
                             `--polytomy of all 7 others

Majority-rule:

+--allzero outgroup
`--+--*Caudipteryx*
   `--+--*Archaeopteryx*
      `--+--Scansoriopterygidae
         `--+--basal Troodontidae
            `--+--*Hulsanpes*
               |--*Microraptor*
               `--+--+--*Rahonavis*
                  |  `--*Shenzhouraptor*
                  `--+--*Yandangornis*
                     `--+--*Sapeornis*
                        `--+--*Confuciusornis*
                           `--+--*Jibeinia*
                              `--+--Enantiornithes (see below)
                                 `--Euornithes (see below)

Enantiornithes
|--*Iberomesornis*
`--+--*Otogornis*
   `--+--*Protopteryx*
      `--+--*Longipteryx*
         |--*Eocathayornis*
         |--*Noguerornis*
         |--*Yungavolucris*
         |--*Boluochia*
         |--*Eoenantiornis*
         `--+--*Alexornis* (how can that trash have a resolved position?)
            `--+--*Sinornis*
               `--+--+--*Lectavis* (hear, hear)
                  |  `--+--*Gobipteryx*
                  |     `--unnamed Lebanon
                  `--+--*Halimornis*
                     `--+--*Concornis*
                        `--+--*Enantiornis*
                           `--+--*Eoalulavis*
                              |--+--*Cuspirostrisornis*
                              |  `--*Neuquenornis*
                              `--+--*Soroavisaurus*
                                 `--*Avisaurus*

Euornithes
|--*Vorona*
`--+--*Yanornis*
   `--+--*Yixianornis*
      `--+--+--*Patagopteryx*
         |  `--*Gansus*
         `--+--+--*Liaoningornis*
            |  `--+--*Apsaravis*
            |     `--*Songlingornis*
            `--+--*Ambiortus*
               `--+--*Anas*
                  `--+--*Hesperornis*
                     `--*Ichthyornis*

Adams:

+--allzero outgroup
|--*Caudipteryx*
`--+--*Archaeopteryx*
   `--+--Scansoriopterygidae
      `--+--*Hulsanpes*
         |--basal Troodontidae
         `--+--*Microraptor*
           `--+--*Rahonavis*
              |  `--*Shenzhouraptor*
              `--+--*Yandangornis*
                 `--+--*Sapeornis*
                    `--+--*Confuciusornis*
                       `--+--*Jibeinia*
                          `--+--Enantiornithes (see below)
                             `--Euornithes (see below)

Enantiornithes
|--*Iberomesornis*
|--*Boluochia*
`--+--*Otogornis*
   `--+--*Protopteryx*
      `--+--*Longipteryx*
         |--*Alexornis*
         `--+--*Noguerornis*
           `--+--*Eocathayornis*
              |--*Eoenantiornis*
              `--+--*Yungavolucris*
                 `--+--*Sinornis*
                    `--+--+--*Lectavis*
                       |  `--+--*Gobipteryx*
                       |     `--unnamed Lebanon
                       `--+--*Halimornis*
                          `--+--*Concornis*
                             `--+--*Enantiornis*
                                |--+--*Soroavisaurus*
                                |  `--*Avisaurus*
                                `--+--*Eoalulavis
                                   `--+--*Cuspirostrisornis*
                                      `--*Neuquenornis*

Euornithes
|--*Yanornis*
|--*Vorona*
`--+--*Yixianornis*
   `--+--+--*Patagopteryx*
      |  `--*Gansus*
      `--+--*Ambiortus*
         |--+--*Liaoningornis*
         |  |--*Apsaravis*
         |  `--*Songlingornis*
         `--+--*Anas*
            `--+--*Hesperornis*
               `--*Ichthyornis*